In dit onderdeel worden de diverse zintuigen van de muis toegelicht.

Gezichtsvermogen

Muizen kunnen alleen van dichtbij tamelijk goed zien. Ze kunnen in ieder geval geel en groen onderscheiden, maar over andere kleuren is nog weinig bekend. Omdat de oogjes van muizen aan de zijkant van hun kop staan, kunnen ze wel heel ver om zich heen zien. Ze nemen details slecht waar. Ze kunnen bewegingen die op hun afkomen beter waarnemen dan stilstaande voorwerpen. Dit is ook de reden waarom katten vaak bewegingloos voor een muizenhol op de loer liggen!!

Gehoor

De muis beschikt over een zeer goed ontwikkeld gehoor. Vooral geluiden met een zeer hoge frequentie, tot ongeveer 1000.000 Hz , kan hij goed opvangen. De meeste geluiden die de muis maakt, liggen boven de gehoorgrens van de mens. Muizen maken dus veel vaker geluid dan we denken!!
Het inwendige oor van de muis is veel gecompliceerder dan dat van de mens. In het middenoor zitten weliswaar net als bij ons drie gehoorbeentjes die het geluid verder geleiden. het slakkenhuis van het inwendige oor heeft echter drie windingen en dat van de mens slechts een enkele.

Reuk

Van alle zintuigen van de muis is het reukvermogen het beste ontwikkeld. Met zijn neus zoekt de muis naar voedsel, herkent hij de leden van zijn grroep, vind hij voortplantingspartners, en zoekt hij de weg.
Om zich in zijn omgeving te orienteren, markeert de muis zijn paden regelmatig met geurvlagen. Ook de muizenliefhebber wordt door de muis aan zijn geur herkend. Hij ontwikkeld weliswaar geen binding met de mens, maar laat wel duidelijk merken dat hij zich prettig voelt in aanwezigheid van zijn verzorger, en dat hij anderen niet echt uit kan staan.
Om dit uitstekende reukvermogen goed te laten werken, beschikt de muis in het inwendige van zijn neus over een goed ontwikkeld reukslijmvlies. Deze slijmhuid is voor een zo'n klein diertje inderdaad erg groot en er eindigen veel zenuwuiteinden in. Ook de neusspiegel, onbehaard en steeds een klein beetje vochtig, is van veel zenuwuiteinden voorzien.

Tastvermogen

Omdat muizen vooral 's nachts actief zijn, en ook overdag de voorkeur geven aan donkere plekjes, bezitten ze een zeer goed ontwikkeld tastvermogen. Rondom de snuit zitten grote stevige tastharen, waarvan de wortels door een vlechtwerk van zeer gevoelige zenuweinden zijn omsponnen. De haren wijzen niet alleen naar opzij, maar ook naar beneden, en sommige naar boven. tastharen bevinden zich ook op de buitenkanten van de pootjes en het lichaam.
Al bij een kleine aanraking geven deze tastharen de noodzakelijke informatie aan de hersenen door. Op deze manier kan de muis zeer snel weten of hij een doorgang of holletje kan passeren. zelfs in het donker kan de muis een hindernis veilig herkennen en vermijden.